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Muchos virus han desarrollado mecanismos para resistir la actividad del interferón. Evitan la respuesta de IFN bloqueando los eventos de señalización descendente que ocurren después de que la citocina se une a su receptor, evitando una mayor producción de IFN e inhibiendo las funciones de las proteínas inducidas por el IFN. Los virus que inhiben la señalización de IFN incluyen el virus de la encefalitis japonesa (JEV), el virus del dengue tipo 2 (DEN-2), el SARS-CoV-2 y los virus de la familia de los herpesvirus, como el citomegalovirus humano (HCMV) y el sarcoma de Kaposi. virus del herpes (KSHV o HHV8). Las proteínas virales que se ha demostrado que afectan la señalización de IFN incluyen el antígeno nuclear 1 del VEB (EBNA1) y el antígeno nuclear 2 del VEB (EBNA-2) del virus de Epstein-Barr , el antígeno T grande del poliomavirus , la proteína E7 del virus del papiloma humano (VPH) y el Proteína B18R del virus vaccinia . La reducción de la actividad de IFN-α puede prevenir la señalización a través de STAT1 , STAT2 o IRF9 (como con la infección por JEV) o mediante la vía JAK-STAT (como con la infección por DEN-2). Varios poxviruscodifican homólogos del receptor de IFN soluble, como la proteína B18R del virus vaccinia, que se unen y evitan que el IFN interactúe con su receptor celular, impidiendo la comunicación entre esta citocina y sus células diana. Algunos virus pueden codificar proteínas que se unen al ARN bicatenario (ARNdc) para prevenir la actividad de las proteínas quinasas dependientes del ARN ; este es el mecanismo que adopta el reovirus usando su proteína sigma 3 (σ3), y el virus vaccinia usa el producto génico de su gen E3L, p25. La capacidad del interferón para inducir la producción de proteínas a partir de genes estimulados por interferón (ISG) también puede verse afectada. Producción de proteína quinasa R, por ejemplo, puede romperse en células infectadas con JEV. Algunos virus escapan a las actividades antivirales de los interferones por mutación genética (y por tanto de proteínas). El virus de la influenza H5N1 , también conocido como gripe aviar, tiene resistencia al interferón y otras citocinas antivirales que se atribuye a un cambio de un solo aminoácido en su Proteína No Estructural 1 (NS1), aunque el mecanismo preciso de cómo esto confiere inmunidad no esta claro.